弊社にてサポートさせていただいてる独自ドメインタイプには 大きく分けて「Eストアー」「MakeShop」等のASPサービスを 利用して構築する場合と、「EC-CUBE」等のオープンソースを活用して構築する2つの構築手段がございます。
独自ドメインタイプのメリットは自分の店舗なので、 顧客に対する独自のプロモーション活動等、 工夫をこらした販促が自由に行えるところです。 また、モールと違い売り上げに対するロイヤリティーが無く （※一部有料の場合もございます。）、月々のランニングコストも抑えられることが大きな違いとなります。
弊社では、数ある独自ドメインの構築手段の中から、 ショップに必要な機能を踏まえ、お客様のご要望、ECサイトの 運営経験等を考慮した上で、最適なプランをご提案させていただいております。

ショッピングモールは、モール自体に顧客がついているため、 開店当初からある程度の集客・売り上げ効果が見込めることが 最大のメリットとなります。
ただし、商材によっては競争相手の飽和状態により モール内での露出が難しいため、毎月の広告投資が必要となってきます。
また、独自ドメインショップとの大きな違いとして顧客管理が モール主体で管理されてしまうこと、 外部リンクが不可能であることがあげられます。